A tizenkét megmérettetés során tizenegyszer győzedelmeskedetek ezek az erőforrások, így nem okozott meglepetést, hogy a Matra, valamint az Eagle-Weslake bejelentették visszavonulásukat. Jack Brabham BT26 típusú versenyautójába Cosworth motor került beépítésre. Jochen Rindt elhagyta a csapatot, helyét Jacky Ickx vette át, mialatt a Ferrari egyedül Chris Amonra épített. Mauro Forghieri a 12 hengeres boxermotor megalkotására koncentrált, amely végül csak az 1970-es esztendőben került bevetésre. Ezen idő alatt Enzo Ferrari azon munkálkodott, hogy megmentse csapatát, ezért megállapodást kötött Gianni Agnellivel. A Fiat átevette a Ferrari részvények negyven százalékát, Enzo Ferrari a haláláig negyvenkilenc százalék tulajdonosa volt, a részvények tíz százalékát Piero Lardi birtokolta, míg Sergio Pininfarina egy százalék tulajdonosa volt. Ez az egyezség lehetővé tette a Ferrari számára, hogy továbbra is részt vegyen a megmérettetéseken. John Cooper elvesztette főszponzorát, más forrást pedig nem tudott találni csapata finanszírozására. Június 11-én elárverezték a versenyistálló fennmaradó tárgyait, amelyet Vic Elford 1500 fontért vásárolt meg. Elford volt az a versenyző, aki Formula-1-es versenyen utoljára állt rajhoz egy Cooper volánjánál.

Szinte az évad összes megmérettetésén a Matra alakulta játszotta a főszerepet, akik tizenegy futamból kilencszer ért célba pontszerző helyen, ami egyben a Dunlop abroncsok megbízhatóságát is alátámasztotta.

Az évad első futama Kyalamiban került megrendezésre, ahol Stewart taktikus vezetésének köszönhetően győzedelmeskedett Hill és Hulme előtt. Stewart nagyon jól bánt az autóval, amikor kellett gázt adott, azonban ha senki nem veszélyeztette pozícióját, kímélte versenygépét. A győzelmet követően két hónap telt el, amikor első Európai állomásához érkezett a Formula-1. A Barcelonában rendezett futamon mindössze tizennégy autó állt rajthoz, ezért sokan úgy vélték, hogy az autóversenyzés hanyatlásnak indult. Rindt, Hill, Amon és Schiffert is Stewart előtt haladt, azonban a kilencven körös megmérettetés ötvenhetedik körében már a skót pilóta állt a mezőny élén, s a futam végére előnyét két körre növelte. A Spanyol Nagydíjon Jochen Rindt és Graham Hill is balesetet szenvedett. Mindkét pilóta hátsó vezetőszárnya letört a célegyenesben. Először Hill járt szerencsétlenül: "Az autóm pörögni kezdett, és csak pörgött, pörgött, majd nekicsapódtam a másik oldalon található szalagkorlátnak. Ennek következtében minden lehetséges rész leszakadt az autómról, mindenfelé alkatrészek röpködtek. Én csak ütem az autómban, a biztonsági öv miatt nem tudtam megmozdulni sem. Nem tehettem semmit, a kocsim irányíthatatlanná vált. Amikor végre megállt, akkor ki tudtam szállni. Köszönöm szépen az szerencsecsillagomnak, hogy nem esett bajom." Hillnek nem maradt arra ideje, hogy csapattársát figyelmeztesse, Rindt vezetőszárnya a pálya szinte azonos pontján szakadt le, autója Hill Lotusának roncsaiba csapódott, aminek következtében felborult. Nagy szerencsével komolyabb sérülések nélkül úszta meg az esetet. Mivel Kyalamiban is hasonló probléma merült fel, a CSI a Monaco Nagydíjon megtiltotta az aerodinamikai segédeszközök használatát.

Ennek ellenére Jackie Stewart játszotta a főszerepet a Monacói hercegségben, amíg csapattársához hasonlóan az autó meghibásodása miatt feladni kényszerült a küzdelmet.

1969. május 18-a emlékezetes nap volt Graham Hill életében, aki ekkora szerezte meg ötödik győzelmét Monte Carlo versenypályáján, ami a tizennegyedik s utolsó diadala is volt egyben. Hillnek ezt követően nem volt szerencséje a Formula-1-ben, nem állt a rendelkezésére olyan autó, amellyel harcba szállhatott volna a világbajnoki címért. Október 5-én, az Amerikai Nagydíjon súlyos balesetet szenvedett, ami szintén nem könnyítette meg a brit pilóta helyzetét.

Az eredeti tervek szerint június 8-án került volna megrendezésre a Belga Nagydíj, azonban törölték a versenyt, mivel a pálya nem felelt meg a pilóták érdekeit képviselő szervezet, a Grand Prix Drivers Association biztonsági elvárásainak. Ez volt a GPDA első komolyabb sikere, azonban a későbbiekben egyre nagyobb szerephez jutott Formula-1-ben.

A soron következő három futamon Stewart játszotta a főszerepet, azonban az Angol Nagydíjon aratott győzelme már a futam megkezdése előtt meghiúsulni látszott. Az edzés során Stewart összetörte versenygépét, és mivel nem állt a rendelkezésre tartalékautó, és arra sem volt esély, hogy az éjszaka folyamán megjavítsák a Matrat, a skót pilóta Beltosie autójával állt rajhoz, aki egy MS 84-el vett részt a megmérettetésen. Rindt és Stewart között szoros küzdelem alakult ki, amelynek a Lotus hátsó szárnyának leszakadása vetett véget. Rindt kigurult a boxba, azonban a szerelési munkáltok ellenére is még jó esélye volt arra, hogy másodikként haladjon át a célvonalon. A nagy hajrában azonban elfogyott az üzemanyag az autójából, így Brabham távollétében Jacky Ickx lett a második helyezett. Jack Brabham egy Silverstonei tesztelés során eltörte a bal lábát, ezért nem tudott részt venni a megmérettetésen.

A Nürburgringen a Ferrari nem állt rajhoz, mivel új, 12 szelepes boxermotorral szerelt autóját tesztelte, ami azonban nem bizonyult igazán megbízhatónak. A Német Nagydíj rajtjához mindössze tizenhárom autó sorakozott fel, így a figyelem az első rajtpozícióról induló Ickxre irányult. Míg Stewart a sebességváltóval küszködött, Jacky Ickx győzedelmeskedett.

A modern műholdas technikai lehetővé tette, hogy világszerte figyelemmel tudják kísérni a futamokat az érdeklődők, ami egyben a szponzorokat is vonzotta. Bernie Ecclestone is újból felbukkant a versenyeken, aki Jochen Rindt Formula-1-es pályafutását egyengette. Mivel Rindt nem volt megelégedve a Lotus versenyistállóval, Ecclestone új állás után nézett védence számára. Jack Brabham csapatában tárt karokkal fogadták volna, mivel Jacky Ickx a Ferrarinál folytatta karrierjét.

Monzában hatalmas csata alakult ki Stewart és Rindt között, amelynek végén Rindt csupán nyolc századmásodperccel volt lemaradva a Formula-1 új világbajnokától. Watkins Glennben azonban senki sem állíthatta meg a Lotus versenyzőjét a győzelem felé haladó úton, aki a diadalt követően úgy döntött, hogy marad akkori csapatánál.

Az évad utolsó futamán Mexikó városban a McLaren versenyzője, Denis Hulme haladt át elsőként a célvonalon, azonban a világbajnoki cím birtokosa ekkor már Jackie Stewart volt.