Prost az egy év kihagyás ellenére is remek formában volt, amikor az évad utolsó két futamát megelőzően Estorilban egy második hellyel biztosította be negyedik világbajnoki címét. Ezen a hétvégén jelentette be Ayrton Senna, hogy az 1994-es, illetve 1995-ös esztendőre a Williams alakulatához írt alá, aminek következtében Prost nem hosszabbította meg szerződését az alakulattal.

Prost csapattársa az 1993-as évadban Damon Hill volt, aki az évadot megelőzően mindössze két Formula-1-es futamon vett részt. Sokan alábecsülték a legendás Graham Hill gyermekét, akinek sikerült bebizonyítania, hogy örökölte édesapja tehetségét. A nullás rajtszámmal versenyző Hill gyakran rosszízű szóbeszédek áldozatává vált. Prost számára a legnehezebb feladatnak az aktív kerékfelfüggesztéssel való megbarátkozás jelentette, valamint az új technikai segédeszközök megismerése. A modern berendezések az alacsonyabb költségevetéssel rendelkező csapatok rövid időn belüli végét jelentette volna, azért a Nemzetközi Automobil Szövetség elnöke, Max Mosley a német Nagydíjat megelőzően megállapodott a FOCA vezetővel a segédeszközök használatának betiltásáról.

Ayrton Senna kevéssel a szezon kezdete előtt úgy határozott, hogy továbbra is McLaren alakulatát szolgálja, így a brazil fiatalember egy alacsonyabb teljesítményű autóval kényszerült rajthoz állni a Formula-1 bajnoki futamain, ahol ötször sikerült felállnia a dobogó legmagasabb fokára, legyőzve Prostot és a Williams-Renault alakulatát.

Március 14-én Kyalamiban bőgtek fel a versenyautók motorjai, amellyel egyben egy új Formula-1-es évad is kezdetét vette. Senna és Prost felváltva álltak a mezőny élén, azonban a Honda erőforrása ezúttal erősebbnek bizonyult, így a brazil pilótának meg kellett elégednie a második helyezéssel. Két héttel később, hazai futamán, szakadó esőben Senna maga mögé utasította ellenfeleit, amivel átvette a vezetést a világbajnokságban is.

Az Európa Nagydíj ezúttal a Donington Parkban került megrendezésre, ahol az ötödik rajtpozícióból induló Senna már az első körben megelőzte az előtte haladó Schumachert, Wendlingert, Hillt és Prostot. A brazil versenyzőnek sikerült megtartania elsőségét a futam végéig, aki végül 1.23,199 perces előnnyel ért célba Hill előtt. Habár Senna az évad során többször komoly fejtörést okozott nagy riválisának, a McLaren-Ford nem tudta felvenni a küzdelmet a Williams-Renault-val a világbajnoki cím megszerzéséért folytatott csatában.

Imolában Prost helyzetét egy beragadt gázpedál nehezítette meg, azonban még ez sem tudta megakadályozni őt abban, hogy megszerezze második futamgyőzelmét az 1993-as esztendőben. Senna autójával problémák adódtak, akinek ennek következtében fel kellett adnia pozícióját.

Hill hazai közönségének egy győzelemmel szerette volna megköszönni a szurkolást, azonban a Renault erőforrás megadta magát, így Hill számára csalódással ért véget ez a megmérettetés. A Belga Nagydíj időmerő edzésén Alex Zanardi a Lotus-szal átszakította a szalagkorlátot, az Eau Rouge kanyarnál. Az olasz pilóta ekkor nem szenvedett komolyabb sérüléseket.

Prost összesen hétszer diadalmaskodott, és 99 pontot szerzett, ami elegendő volt a francia versenyző negyedik világbajnoki címéhez. Az évad végén úgy tűnt, hogy a csapat meggyőző fölénye csökkent a többi versenyistállóval szemben, amikor Patrick Head már a következő évi autó tervezésén munkálkodott.

Ayrton Senna a McLaren-Ford volánjánál megnyerte az évad utolsó két futamát, így a legendás versenyző 1993. november 7-én állhatott fel utoljára a dobogó legmagasabb fokára Formula-1-es pályafutása során. Ez volt Senna 41. győzelme. Ekkor még senki nem gondolta volna, hogy ez lesz egyben az utolsó is…